公司迟到扣款加倍的合法性，需依据具体法律法规条款分析。
根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”

公司迟到扣款加倍，本质是对员工迟到行为的经济处罚。若加倍后每月扣款超过员工当月工资20%，或扣除后剩余工资低于当地最低工资，即直接违反该条款。即使公司以“迟到影响工作效率”主张经济损失，也需证明损失实际存在且与迟到直接相关，否则加倍扣款缺乏法律依据，属违法行为。
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公司迟到扣款加倍可能引发以下法律风险，需员工警惕：
1. 经济损失风险：若公司长期对员工迟到扣款加倍，员工可通过劳动仲裁要求返还超额扣款。例如员工每月工资5000元，公司每月因迟到扣款1200元（超20%限额），一年累计超额扣款2400元，员工胜诉后可追回该部分损失。
2. 劳动仲裁败诉风险：公司若无法证明扣款制度合法、扣款金额未超限额，在劳动仲裁中可能被判向员工支付赔偿金（如超额扣款的25%经济补偿金），同时需纠正违法扣款制度。
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关于公司迟到扣款加倍是否违法的问题，关键在于是否符合法律对扣款金额和程序的规定。
公司迟到扣款加倍可能违法，需结合具体情况判断。

1. 若公司扣款金额超过员工当日工资的20%，则违法。例如员工日工资100元，迟到扣款超过20元即违反《工资支付暂行规定》第十六条的限额要求。
2. 若扣款后员工剩余工资低于当地最低工资标准，也违法。即使扣款比例未超20%，但扣完后工资低于最低工资，公司仍需按最低工资支付。
3. 若公司未将迟到扣款制度依法公示或告知员工，该制度对员工无约束力，此时扣款加倍属违法。
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以下特殊情况会影响公司迟到扣款加倍的处理结果，需特别注意：
1. 公司未公示扣款制度：若公司的迟到扣款制度仅口头通知，未书面公示或未让员工签字确认，该制度对员工不具有法律效力。此时即使扣款未超限额，员工也可主张扣款违法，要求返还。
2. 员工因不可抗力迟到：如遇突发交通事故、自然灾害等不可抗力导致迟到，公司仍按加倍扣款处理，属违法。此时员工可凭相关证明（如交警事故认定书）要求公司撤销扣款。
3. 扣款后低于最低工资：即使公司扣款比例未超20%，但扣除后员工月工资低于当地最低工资标准（如当地最低工资2000元，员工月工资2500元，扣款500元后剩余2000元刚好达标，若扣款600元则剩余1900元低于标准），公司需按最低工资支付，超额部分需返还。

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